Des commissions spécialisées peuvent être créées par le président de l'institut après avis du conseil scientifique et technique et accord du conseil d'administration.
Elles assistent le président de l'institut et sont chargées, dans certains secteurs d'activité de l'institut :
1° De participer à l'évaluation des travaux et des programmes ainsi qu'à celle des unités dans leur domaine de compétence. Les commissions spécialisées peuvent être chargées par le conseil d'administration de conduire les évaluations des unités de recherche, en cohérence avec la programmation scientifique de l'institut ;
2° De contribuer à la définition des orientations scientifiques et techniques de leur secteur, en produisant notamment des recommandations s'appuyant sur l'évaluation prévue au 1°.
Elles peuvent être, par ailleurs, consultées par le président de l'institut pour toute question entrant dans leur domaine de compétence.
Ces commissions comprennent des membres nommés par le président de l'institut, après avis du conseil scientifique et technique et accord du conseil d'administration, ainsi que des représentants élus du personnel.
La composition et les modalités de fonctionnement des commissions spécialisées ainsi que la durée du mandat de leurs membres font l'objet d'une décision du président de l'institut, prise après avis du conseil scientifique et technique et accord du conseil d'administration.
Les modalités d'élection des représentants du personnel au sein de ces commissions sont fixées par arrêté conjoint du ministre chargé de la recherche et du ministre chargé de l'agriculture.