Les départements sont créés, modifiés ou supprimés par le président de l'institut après avis du conseil scientifique et technique et accord du conseil d'administration.
Le président de l'institut précise leurs modalités de fonctionnement et nomme les responsables de départements après avis du conseil scientifique et technique. La durée maximale de leurs fonctions est de quatre ans, renouvelable dans la limite de douze ans.
Le responsable du département est chargé, sous l'autorité du président de l'institut, de l'élaboration de la programmation scientifique, de l'animation et du suivi de l'activité scientifique et technique des unités relevant de son département.