L'institut a pour missions :
1° D'entreprendre, réaliser, coordonner et soutenir, à moyen et long terme, à son initiative ou à la demande de l'Etat, tous travaux de recherche scientifique et technologique dans les domaines de l'aménagement et de la gestion durables des territoires, en particulier agricoles et naturels, et de leurs ressources.
Ces travaux de recherche portent notamment sur :
a) Le traitement des interactions entre les milieux naturels, les zones agricoles et urbaines ;
b) La gestion de la ressource en eau, l'amélioration de la qualité des eaux et des milieux aquatiques autres que marins ;
c) La prévention, la prévision et l'atténuation des risques liés à la pollution des écosystèmes, au cycle de l'eau et à la sécurité des ouvrages hydrauliques ;
d) La gestion et la valorisation des ressources naturelles et de la biodiversité aquatique et forestière ;
e) La connaissance de l'environnement par l'observation dans ses domaines de compétence ;
f) La conception et le développement de procédés et technologies liés en particulier au traitement des déchets et rejets, aux activités agricoles, forestières et agroalimentaires et à l'aménagement des territoires ;
2° De produire et mobiliser, à partir des résultats de ses travaux, les connaissances scientifiques et technologiques nécessaires aux politiques publiques et de promouvoir la normalisation ;
3° De conduire des expertises scientifiques et techniques dans les domaines mentionnés au 1°, le cas échéant en venant en appui aux acteurs économiques, aux fondations reconnues d'utilité publique ou aux associations ;
4° De contribuer, dans les conditions déterminées par le code de la recherche, à la valorisation des résultats de ses travaux ;
5° De favoriser la publication de tous travaux et études liés à ses activités et de contribuer à la diffusion des connaissances scientifiques et techniques ;
6° D'apporter son concours à l'enseignement supérieur et à la formation à la recherche et par la recherche dans ses domaines de compétences.