Le directeur de l'institut est assisté par un secrétaire général, qui le seconde et le supplée en cas d'absence ou d'empêchement.
Le secrétaire général est chargé de la gestion administrative de l'institut.
Il est soit un officier général ou supérieur, soit un membre d'un corps de fonctionnaires de niveau au moins équivalent à celui d'administrateur civil.
Le secrétaire général est un personnel civil si le directeur de l'institut est un militaire, et réciproquement.