L'Institut de veille sanitaire est administré par un conseil d'administration et dirigé par un directeur général.
Le conseil d'administration comprend, outre son président, pour moitié des représentants de l'Etat et pour moitié des personnalités qualifiées choisies en raison de leur compétence dans les domaines entrant dans les missions de l'institut, des représentants d'associations d'usagers du système de santé agréées au titre de l'article L. 1114-1 et des représentants du personnel.
Le président du conseil d'administration et le directeur général sont nommés par décret.
Un conseil scientifique veille à la cohérence de la politique scientifique de l'institut.