Le service de la sécurité de défense et des systèmes d'information comprend :
1. Le département du contrôle et des procédures ;
2. Le département des opérations de sécurité de défense ;
3. Le département des opérations de sécurité des systèmes d'information ;
4. Le centre d'instruction en sécurité industrielle de l'armement.
Il a autorité sur le centre de la sécurité de défense et des systèmes d'information, organisme extérieur, dont les missions et l'organisation sont fixées par instruction.