La sous-direction des libertés publiques est chargée de préparer les textes relatifs aux libertés publiques et individuelles relevant de son champ de compétence, et d'en suivre l'application. Elle veille à la protection des données à caractère personnel. Elle est le correspondant de la commission nationale de l'informatique et des libertés et de la Commission d'accès aux documents administratifs pour l'ensemble de l'administration du ministère. Elle prépare et met en œuvre les dispositions relatives aux gels d'avoirs.
Elle analyse les questions relevant du droit pénal et de la procédure pénale, et propose les modifications qui apparaissent nécessaires. Elle suit l'application du droit pénal de la presse et de la protection du jeune public.
Elle est chargée de l'application et de l'évolution de la législation concernant la vie associative ; elle assure la tutelle sur les associations et fondations reconnues d'utilité publique.
Elle veille à l'application du principe de laïcité et des législations relatives à l'exercice du culte ; elle assure les relations de l'Etat avec les cultes.
Elle suit les affaires cultuelles, notamment l'application du régime concordataire dans les départements du Bas-Rhin, du Haut-Rhin et de la Moselle. Elle est chargée de préparer les textes législatifs et règlementaires relatifs aux titres d'identité et de voyage délivrés aux Français et à l'interdiction de sortie du territoire. Elle en suit l'application.
Elle prépare les décisions individuelles relevant de la compétence du ministre dans les activités ci-dessus énumérées.
La sous-direction des libertés publiques comprend :
― le bureau de la liberté individuelle ;
― le bureau des questions pénales ;
― le bureau des associations et fondations ;
― le bureau central des cultes ;
― le bureau des cultes du Bas-Rhin, du Haut-Rhin et de la Moselle ;
― le bureau des titres d'identité et de voyage.