Le conseil d'administration élit en son sein un président et comprend au moins deux vice-présidents. Le premier vice-président est le représentant de l'Etat désigné par le ministre chargé de l'urbanisme. Le ou les autres vice-présidents sont élus en son sein par le conseil d'administration. Le premier vice-président ou, à défaut, dans l'ordre d'élection, l'un des autres vice-présidents supplée le président en cas d'absence ou d'empêchement.
En cas de vacance de la présidence du conseil d'administration, pour quelque cause que ce soit, le premier vice-président ou, à défaut, dans l'ordre d'élection, l'un des autres vice-présidents ou, si ces derniers sont à leur tour empêchés, le préfet de la région d'Ile-de-France peut convoquer un conseil d'administration, dont l'ordre du jour comporte l'élection d'un nouveau président et, le cas échéant, du ou des vice-présidents à remplacer.
Le président et les vice-présidents élus le sont pour une durée de quatre ans. Ils sont rééligibles.