L'Autorité de régulation des activités ferroviaires et routières dispose de l'autonomie financière.
Elle perçoit le produit du droit fixe établi à l'article L. 2132-13 du présent code et des taxes établies aux articles 1609 sextricies et 1609 septtricies du code général des impôts, dans la limite des plafonds prévus au I de l'article 46 de la loi n° 2011-1977 du 28 décembre 2011 de finances pour 2012. La loi du 10 août 1922 relative à l'organisation du contrôle des dépenses engagées ne lui est pas applicable.
L'autorité perçoit, le cas échéant, des rémunérations pour services rendus.
Le président de l'autorité est ordonnateur des recettes et des dépenses.
L'autorité est soumise au contrôle de la Cour des comptes.