Les ministres chargés, respectivement, de l'écologie, de l'énergie, des douanes et de l'agriculture désignent un organisme chargé du système de durabilité des biocarburants et bioliquides.
Cet organisme crée un système d'information dématérialisé répondant à des conditions, notamment pour les modalités d'archivage, déterminées par arrêté des ministres chargés de l'écologie, de l'énergie, des douanes et de l'agriculture. Il assure la gestion de ce système d'information qui comprend le répertoire des opérateurs économiques concernés, des systèmes ou accords auxquels chacun a déclaré recourir et des informations contenues dans les attestations et les déclarations de durabilité.
Il met à la disposition des opérateurs économiques des outils relatifs à la mise en œuvre des critères de durabilité des biocarburants et bioliquides.
Il assure la gestion du système national pour les opérateurs économiques qui y recourent. A ce titre, il prend toutes mesures pour que les opérateurs économiques fournissent des informations fiables, mettent à sa disposition, lorsqu'il en fait la demande, les données ayant servi à établir ces informations, soumettent leurs informations au contrôle des organismes certificateurs et justifient l'existence et la fréquence de ces contrôles.
Il apporte son appui aux services de l'Etat dans l'exercice de leurs missions de contrôle. Il fournit aux ministres chargés de l'écologie et de l'énergie toutes les informations et données nécessaires à l'établissement des rapports à communiquer à la Commission européenne.