Sous l'autorité du recteur, le secrétaire général d'académie est chargé de l'administration de l'académie. Il supplée le recteur en cas d'absence ou d'empêchement de celui-ci.
En cas de vacance momentanée du poste de recteur, le secrétaire général d'académie assure l'intérim, à l'exception des missions mentionnées aux articles R. 222-3-2, R. 222-3-4 et R. 222-3-5. Toutefois, l'intérim du recteur de l'académie de Paris est assuré par le vice-chancelier des universités de Paris pour les questions mentionnées à l'article R. * 222-17 et par le directeur de l'académie de Paris pour les questions mentionnées à l'article R. * 222-18.