Un dossier médical en santé au travail est constitué par le médecin du travail dans les conditions prévues à l'article L. 4624-2 du code du travail.
Dans le respect des dispositions prévues aux articles L. 1110-4 et L. 1111-7 du code de la santé publique, le médecin du travail recueille et actualise avec l'agent et les services concernés les informations administratives, médicales et professionnelles nécessaires aux actions individuelles et collectives en santé au travail. Ces données sont conservées dans le dossier médical en santé au travail. Il en est de même des avis des différentes instances médicales formulés en application de l'article 71 de la loi n° 86-33 du 9 janvier 1986 modifiée portant dispositions statutaires relatives à la fonction publique hospitalière.
Lorsque l'agent quitte l'établissement, un double du dossier médical est remis, avec son accord, au médecin du travail de sa nouvelle affectation. En cas de refus de l'agent, seuls la liste des vaccinations pratiquées et les résultats des tests tuberculiniques sont transmis au médecin du travail.