Le médecin-chef du service de santé des gens de mer est nommé par arrêté du ministre chargé de la mer. Lorsqu'il s'agit d'un médecin du service de santé des armées, il est nommé sur proposition du ministre de la défense.
Le médecin-chef du service de santé des gens de mer est affecté à la direction des affaires maritimes.
Le médecin-chef du service de santé des gens de mer anime l'action du service de santé des gens de mer. Il coordonne l'action des médecins-chefs interrégionaux.