Le président de l'institut est nommé pour une durée de quatre ans, renouvelable une fois, par décret pris sur proposition du ministre chargé de la recherche et du ministre chargé de l'agriculture. Cette nomination intervient après un appel public à candidatures établi sous forme d'avis par le ministre chargé de la recherche, publié au Journal officiel, et l'examen de ces candidatures par une commission dont la composition et le fonctionnement sont fixés à l'article R. 831-4-2.