Le praticien agréé-maître de stage des universités perçoit des honoraires pédagogiques versés par l'unité de formation et de recherche médicale.
Le montant forfaitaire de ces honoraires pédagogiques est fixé à 600 € bruts par mois de stage et par étudiant. Dans l'hypothèse où l'étudiant est accueilli chez plusieurs praticiens agréés-maîtres de stage des universités, les honoraires pédagogiques ne sont dus qu'une fois.
L'étudiant ne peut percevoir de rémunération ni de son maître de stage, ni des patients durant le stage.
Ces honoraires pédagogiques sont financés sur le budget de l'assurance maladie.
Dans chaque subdivision d'internat, une convention est signée entre l'agence régionale de santé dans le ressort de laquelle les étudiants sont affectés pour le troisième cycle des études de médecine, l'université d'inscription et le centre hospitalier-universitaire (CHU) de rattachement. Elle prévoit :
1° Le versement des crédits afférents aux honoraires pédagogiques au CHU de rattachement par l'agence régionale de santé ;
2° Les modalités de remboursement de l'UFR de l'université d'inscription par le CHU de rattachement.