Les fonds de coopération régionale institués par l'article L. 4433-4-6 contribuent à l'insertion de la Guadeloupe, de La Réunion et de Mayotte dans leur environnement géographique. Ils concourent aux actions de coopération économique, sociale et culturelle menées avec les pays de leur région.
Le préfet de région et, à Mayotte, le préfet de Mayotte, en est l'ordonnateur secondaire.