Le secrétaire général est assisté dans l'exercice de ses fonctions par un adjoint ainsi que par :
- la mission des affaires générales, dont l'organisation est précisée par l'article 9 ;
- le réseau d'appui aux personnes et aux services, dont l'organisation est précisée à l'article 9-1 ;
- la délégation à la mobilité et aux carrières, chargée des nominations aux emplois fonctionnels d'encadrement supérieur d'administration centrale et des services déconcentrés ;
- le pôle d'accompagnement des cadres occupant ou appelés à occuper des fonctions d'encadrement supérieur (pôle de coachs) ;
- la mission de pilotage du programme budgétaire 215 "conduite et pilotage des politiques de l'agriculture", chargée de la gestion budgétaire et comptable et de la performance de ce programme, du développement du contrôle de gestion, de la mise en œuvre des actions de contrôle interne au sein du secrétariat général, et, à ce titre, de la coordination de l'ensemble des services de l'administration centrale concernés par le programme.