Le conseil d'administration de l'Agence de l'outre-mer pour la mobilité comprend : 
 1° Des représentants de l'Etat ; 
 2° Des représentants des régions de Guadeloupe, de Guyane, de Martinique et de La Réunion ainsi que du Département de Mayotte ; 
 3° Des personnalités qualifiées, désignées en raison de leur compétence en matière de formation professionnelle ou de continuité territoriale ; 
 4° Des représentants élus du personnel de l'établissement. 
 Le président du conseil d'administration est élu en son sein.