La mise en exploitation des navires est soumise à une autorisation préalable dite permis de mise en exploitation des navires de pêche professionnelle qui précise, s'il y a lieu, les zones d'exploitation autorisées.
Le permis de mise en exploitation des navires de pêche professionnelle est exigé pour tout navire de pêche professionnelle maritime avant la déclaration de nouvelles capacités de pêche dans le fichier de la flotte de pêche de l'Union européenne, sans préjudice de la délivrance des autorisations de pêche maritimes à caractère général ou spécifiques prévues par la réglementation de l'Union européenne ou nationale. Il est exigé pour tout navire de pêche professionnelle maritime, notamment avant la construction, l'importation, la modification de la capacité de pêche ou la délivrance d'une autorisation générale d'activité de pêche maritime à l'issue d'une période d'inactivité de plus de six mois, en conformité avec la réglementation de l'Union européenne.
La délivrance du rôle d'équipage est subordonnée à la présentation d'un permis de mise en exploitation des navires de pêche professionnelle lorsque celui-ci est exigible. Il est procédé au retrait du rôle d'équipage dans le cas d'une modification de capacité de capture du navire faite sans qu'ait été obtenu le permis de mise en exploitation des navires de pêche professionnelle correspondant.
Les conditions d'attribution des permis de mise en exploitation des navires de pêche professionnelle, qui en aucun cas ne seront cessibles, sont fixées par décret en Conseil d'Etat. Ce décret détermine, en fonction des objectifs prévus à l'article L. 921-6 et de la situation effective des capacités de capture de la flotte, les critères de délivrance des permis.
Il précise les conditions et modalités de délivrance de la licence européenne de pêche et d'enregistrement des navires de pêche professionnelle dans un registre national ainsi que les modalités de gestion de ce registre qui doit alimenter le fichier de la flotte de pêche de l'Union européenne.
Il fixe les sanctions en cas de non-respect des conditions d'attribution d'un permis de mise en exploitation.