Le ministre chargé de l'agriculture peut désigner des laboratoires nationaux de référence chargés notamment de l'encadrement technique des laboratoires agréés.
Les laboratoires nationaux de référence apportent à l'Etat, aux laboratoires agréés et aux plates-formes mentionnées au II de l'article L. 201-14 l'appui scientifique et technique nécessaire à la collecte, au traitement, à l'accessibilité, à la transmission et à la diffusion des données d'épidémiosurveillance. Ces laboratoires peuvent également apporter leur appui aux autres gestionnaires de dispositifs de surveillance.