Les présidents de section organisent les travaux de leur section. L'un d'entre eux coordonne, avec le concours des autres présidents, les activités d'inspection générale.
Après avis du bureau, le vice-président attribue individuellement ou collectivement aux membres permanents et aux chargés de mission affectés au Conseil général de l'environnement et du développement durable les missions concourant à l'exercice de la mission permanente d'inspection générale définie au premier alinéa de l'article 2 et les missions que les ministres demandent au conseil de diligenter, ainsi que toute mission de veille, de prospective et d'assistance utile à la qualité de ses travaux.
Les membres permanents du Conseil général de l'environnement et du développement durable disposent de tous pouvoirs d'investigation, sur pièces et sur place, nécessaires à l'accomplissement de leurs missions, à l'égard des services mentionnés à l'article 2 ainsi que, dans le cadre des dispositions ou des stipulations qui les régissent ou auxquelles ils sont soumis, des organismes visés au même article. Ils ont communication de toutes pièces, correspondances administratives, rapports d'études, documents et autres supports d'information nécessaires à leurs missions. Ils ont libre accès aux locaux des services inspectés. Ils reçoivent, dans l'exercice de ces missions, le concours des agents du ministère chargé de l'environnement et du développement durable et, en tant que de besoin, des administrations des autres ministères mentionnés à l'article 1er. Dans l'accomplissement des missions qui leur sont attribuées en application de l'alinéa précédent, les chargés de mission disposent des mêmes pouvoirs, et sont alors soumis aux mêmes obligations, que les membres permanents. Les pouvoirs visés au présent alinéa s'exercent sans préjudice des dispositions relatives à la protection du secret de la défense nationale.
En matière d'audit interne, le conseil conduit ses travaux conformément au cadre de référence mentionné à l'article 2 du décret du 28 juin 2011 susvisé.
A l'issue des missions, les rapports sont adressés aux ministres intéressés par le vice-président.