Le Conseil général de l'environnement et du développement durable est chargé d'une mission permanente d'inspection générale portant sur la régularité, la qualité et l'efficacité de l'action, dans les domaines énumérés à l'article 1er, des services centraux et déconcentrés placés sous l'autorité des ministres concernés. A la demande du Premier ministre, le conseil concourt aux inspections portant sur l'organisation, le fonctionnement et la régularité de l'action des services déconcentrés relevant de ce dernier et intervenant dans les domaines énumérés à l'article 1er.
Dans les mêmes domaines, et dans le cadre du dispositif prévu à l'article 1er du décret du 28 juin 2011 susvisé, il conduit des missions d'audit des dispositifs de contrôle interne et de maîtrise des risques des services mentionnés à l'alinéa précédent ainsi que des organismes publics ou privés que la loi, le règlement ou les stipulations d'une convention placent sous la tutelle des ministres visés à l'article 1er ou soumettent à leur contrôle. Ces missions peuvent également concerner les organismes bénéficiaires de financements versés par les ministères concernés ou les établissements publics intervenant dans leurs domaines de compétence. Elles s'exercent alors dans le cadre et les limites fixés par les conventions qui déterminent les conditions de ces financements.