Le quorum est atteint lorsque la moitié au moins des membres composant le conseil scientifique régional du patrimoine naturel sont présents, y compris les membres prenant part aux débats au moyen d'une conférence téléphonique ou audiovisuelle, ou ont donné mandat. Lorsque le quorum n'est pas atteint, le conseil délibère valablement sans condition de quorum après une nouvelle convocation portant sur le même ordre du jour.
Ses avis sont émis à la majorité des membres présents. En cas de partage égal des voix, celle du président est prépondérante. Les avis sont transmis au préfet de région, au président du conseil régional ou, en Corse, au président du conseil exécutif.