Le président de la Commission nationale de contrôle des techniques de renseignement reçoit une rémunération de base égale au traitement afférent au premier groupe supérieur des emplois de l'Etat classés hors échelle ainsi qu'une indemnité, versée mensuellement, dont le montant est fixé par arrêté conjoint du Premier ministre, du ministre chargé du budget et du ministre chargé de la fonction publique.