La composition du comité de suivi est fixée par arrêté conjoint des ministres chargés de l'agriculture, de la santé, de la consommation, du travail et de l'environnement, sur proposition du directeur général de l'Agence parmi des personnalités reconnues pour leurs connaissances et compétences en matière de produits mentionnés à l'article L. 253-1 du code rural et de la pêche maritime et de matières fertilisantes et supports de culture et leurs adjuvants visés à l'article L. 255-1 du même code. Il comprend neuf à treize membres.
Le président et les autres membres du comité de suivi sont nommés, sur proposition du directeur général de l'Agence, pour une durée de trois ans par arrêté conjoint des ministres chargés de l'agriculture, de la santé, de la consommation, du travail et de l'environnement.
En cas de vacance d'un siège du fait de l'empêchement définitif de son titulaire ou de la perte par un membre de la qualité au titre de laquelle il a été désigné, il est procédé à la désignation d'un nouveau membre dans les conditions prévues à l'alinéa précédent. Le mandat de ce membre ainsi nommé expire en même temps que celui des autres membres du comité de suivi.