Dans chaque ministère, des décrets pris sur la proposition des ministres intéressés désignent des fonctionnaires ayant au moins rang de directeurs, qui sont habilités à assister en qualité de commissaire du Gouvernement aux séances du Conseil pour l'ensemble des affaires du département dont ils relèvent.
Outre les directeurs qui sont habilités à assister aux séances du Conseil d'Etat en qualité de commissaires du Gouvernement pour l'ensemble des affaires de leur direction, des fonctionnaires peuvent être désignés en cette qualité par les ministres au moment de la saisine du Conseil pour l'examen d'une affaire déterminée.
Les commissaires du Gouvernement assistent avec voix consultative aux séances de l'assemblée générale, des commissions ou des sections pour les affaires qui dépendent de leurs services.