Les responsables de département, le secrétaire général du Haut Conseil de l'évaluation de la recherche et de l'enseignement supérieur et le directeur de l'Observatoire des sciences et techniques perçoivent une indemnité annuelle déterminée par le président dans la limite d'un montant maximum, fixé par un arrêté conjoint des ministres chargés de l'enseignement supérieur et de la recherche, du budget et de la fonction publique.
Les attributions individuelles sont fixées par le président du conseil en fonction de la manière de servir des intéressés.
Cette indemnité est versée mensuellement.