Les commandants de forces nucléaires sont l'autorité de niveau intermédiaire dans le cadre de leurs responsabilités définies dans le code de la défense à l'article R.* 1411-6.
Les commandants d'arrondissement maritime concernés sont l'autorité de niveau intermédiaire pour les installations des ports de Brest et de Toulon et les sous-marins lorsqu'ils sont reliés à une INBS de ces ports. L'amiral commandant les forces sous-marines et la force océanique stratégique est autorité de niveau intermédiaire pour les installations, systèmes et activités de la base opérationnelle de l'île Longue.
Dans les autres cas, chaque exploitant délégué, dans le périmètre prévu à l'article 11, désigne les autorités de niveau intermédiaire prévues à l'article 12.