Les dispositions du décret n° 99-1060 du 16 décembre 1999 modifié relatif aux subventions d'Etat pour des projets d'investissement, celles du décret n° 2001-120 du 7 février 2001 relatif aux subventions de l'Etat pour les projets d'investissements dans les DOM ainsi que leurs textes d'application, sont exécutoires pour les aides de l'Etat attribuées au titre du PCAE.
S'agissant des délais spécifiques pour la mise aux normes « nitrates », des précisions pour les nouvelles zones vulnérables introduites en 2012 et en 2015 sont apportées dans une instruction technique du ministère chargé de l'agriculture.