Pour l'affectation des crédits de l'Etat, une priorisation des dossiers est donnée à ceux répondant à l'une au moins des caractéristiques suivantes :
- portés par des jeunes agriculteurs ;
- réalisés en montagne ou en zones défavorisées ;
- contribuant à la réalisation du projet agroécologique porté par le ministère en charge de l'agriculture et en particulier aux plans qui lui sont associés ;
- liés à des mesures agroenvironnementales et climatiques (MAEC) et au développement de l'agriculture biologique ;
- portés par des collectifs (GIEE tels que définis au troisième alinéa de l'article 6, CUMA,…).
Ces caractéristiques sont précisées par le réfet de région ou le préfet dans les DOM et peuvent aussi prendre en compte les spécificités locales.
Selon le contexte économique ou l'introduction de politiques particulières, le ministère chargé de l'agriculture peut donner des priorités complémentaires ciblées pour l'emploi de ses crédits et la sélection des dossiers. Ces cibles spécifiques sont fixées par instruction du ministère chargé de l'agriculture.