Pour certains investissements liés à la performance énergétique des exploitations agricoles, les demandeurs sollicitant des aides s'engagent à réaliser un diagnostic énergie-GES en préalable à la réalisation de leur projet. Une instruction technique du ministère chargé de l'agriculture définit la liste des investissements nécessitant un diagnostic préalable.
Les modalités de mise en œuvre des diagnostics énergie-GES, le contenu du diagnostic et l'attestation de sa bonne réalisation, et les modalités d'agrément des diagnostiqueurs sont précisés par une instruction technique du ministère chargé de l'agriculture.
Les travaux de mise aux normes des capacités de stockage des effluents d'élevage au titre de la directive « nitrates » doivent faire obligatoirement l'objet d'un diagnostic préalable à l'investissement permettant de définir les capacités éligibles aux aides. Ce diagnostic est effectué avec l'un des outils de calcul des capacités de stockage des effluents d'élevage reconnu pour la mise en œuvre du « programme d'actions national à mettre en œuvre dans les zones vulnérables afin de réduire la pollution des eaux par les nitrates d'origine agricole ».