Sans préjudice du premier alinéa de l'article L. 3111-8, en cas de création d'un établissement public de coopération intercommunale à fiscalité propre compétent en matière de mobilité, ou de modification du ressort territorial d'un établissement public de coopération intercommunale à fiscalité propre compétent en matière de mobilité, entraînant l'inclusion de services de transport public existants, réguliers ou à la demande, organisés par une région, un département ou un syndicat mixte, l'établissement public de coopération intercommunale à fiscalité propre compétent en matière de mobilité est substitué à l'autorité organisatrice de transport antérieurement compétente dans l'ensemble de ses droits et obligations pour l'exécution des services de transport publics désormais intégralement effectués sur son ressort territorial. Cette substitution intervient dans un délai d'un an à compter de cette création ou modification.
Une convention entre les autorités organisatrices concernées fixe les modalités du transfert et les conditions de financement des services de transport non urbains transférés, en tenant compte notamment d'une éventuelle modification du périmètre de l'assiette du versement transport. En cas de litige, le second alinéa de l'article L. 3111-8 s'applique aux procédures d'arbitrage.
Si l'autorité organisatrice de la mobilité créée ou dont le ressort territorial est modifié ne relève pas de la catégorie des établissements publics de coopération intercommunale à fiscalité propre, l'autorité organisatrice de la mobilité peut se substituer aux autres autorités organisatrices de transports après accord entre les parties.