La rémunération de l'opérateur est calculée par application d'un pourcentage sur le montant des travaux hors taxe. Si la convention prévoit un préfinancement des dépenses, la rémunération de l'opérateur intègre alors également le remboursement des avances et frais financiers supportés par l'opérateur pour l'accomplissement de cette mission.
La durée de l'échéancier de versement de la rémunération de l'opérateur prévu par la convention peut être supérieure à la durée d'exécution des études et travaux sans pouvoir être supérieure à la durée de la convention.
L'échéancier peut prévoir une rémunération progressive dans le temps si la convention prévoit une phase d'études pour la finalisation des travaux et dans l'attente de la passation par l'opérateur de l'ensemble des contrats nécessaires à la réalisation de l'opération afin d'en déterminer le coût définitif.
La rémunération est à la charge du syndicat des copropriétaires et distincte de la rémunération de l'administrateur provisoire.