La direction de la protection des installations, moyens et activités de la défense est constituée de quatre départements :
I. - Le département « politique de protection » est notamment chargé d'élaborer la politique de protection et le référentiel ministériel des menaces ainsi que de préparer l'approbation des plans de sécurité des opérateurs d'importance vitale.
II. - Le département « moyens de protection » est chargé de traduire en termes capacitaires les mesures de protection à mettre en œuvre.
III. - Le département « état des lieux et conformité » est chargé de superviser la mise en œuvre de la politique de contrôle, d'audit et d'inspection.
IV. - Le département « analyse de la menace, expertise » est chargé d'exploiter les analyses des services de renseignement et de déterminer le niveau de vulnérabilité des installations, moyens et activités de la défense.
Elle comprend du personnel militaire et civil.