Le secrétariat général comprend, outre les directions, délégations et services qui lui sont rattachés et dont les missions sont définies aux articles 3 à 42 :
― la mission de coordination stratégique ;
― la mission de la politique de l'encadrement supérieur ;
― la mission de contrôle interne pour la maîtrise des risques ;
― la mission de la modernisation et des politiques locales, composée de deux départements ;
― la cellule des consultants internes ;
― la cellule de pilotage des systèmes d'information ;
― la direction du programme SIRHEN.
Le secrétariat général, conjointement avec la direction générale de l'enseignement scolaire, comprend également la direction du numérique pour l'éducation, dont les missions sont définies aux articles 53 à 57.
Le secrétaire général est assisté par un chef de service, secrétaire général adjoint.