La direction des affaires criminelles et des grâces comprend, outre le service du casier judiciaire national, le cabinet du directeur, le pôle d'évaluation des politiques pénales et trois sous-directions : la sous-direction de la justice pénale générale, la sous-direction de la justice pénale spécialisée et la sous-direction de la négociation et de la législation pénales.