L'agent comptable est nommé par le préfet compétent, après avis du directeur départemental des finances publiques.
Les établissements publics fonciers de l'Etat sont soumis aux dispositions des titres Ier et III du décret n° 2012-1246 du 7 novembre 2012 relatif à la gestion budgétaire et comptable publique.
Par dérogation aux dispositions de l'article 3 du décret n° 2012-1246 du 7 novembre 2012 relatif à la gestion budgétaire et comptable publique, les établissements publics d'aménagement et l'établissement public Grand Paris Aménagement sont soumis aux dispositions des titres Ier et III de ce décret, à l'exception des 1° et 2° de l'article 175 et des articles 178 à 185, 204 à 208, 220 à 228 de ce même décret, ainsi qu'aux dispositions du décret n° 55-733 du 26 mai 1955 relatif au contrôle économique et financier de l'Etat.
Il peut être institué au sein de ces établissements publics des régies de recettes et des régies d'avances dans les conditions prévues par le décret n° 92-681 du 20 juillet 1992 relatif aux régies de recettes et aux régies d'avances des organismes publics.
Ces établissements publics sont soumis aux dispositions du décret n° 53-707 du 9 août 1953 relatif au contrôle de l'Etat sur les entreprises publiques nationales et certains organismes ayant un objet d'ordre économique ou social.