La procédure devant la commission des sanctions est contradictoire. Les sanctions sont prononcées après que la personne concernée a reçu notification des griefs, a été mise à même de consulter le dossier établi par les services de l'autorité et a été invitée à présenter ses observations écrites et orales. Elle peut être assistée de la personne de son choix.
Sauf dans les cas où la communication ou la consultation de documents est nécessaire à la procédure ou à l'exercice de leurs droits par la ou les parties mises en cause, le président de la commission des sanctions peut refuser la communication ou la consultation de pièces ou de certains éléments contenus dans ces pièces dont la divulgation porterait atteinte à un secret protégé par la loi. Les pièces considérées sont retirées du dossier ou certaines de leurs mentions occultées.
Dans les cas où la communication ou la consultation de documents dont la divulgation porterait atteinte à un secret protégé par la loi est nécessaire à la procédure ou à l'exercice des droits d'une ou plusieurs des parties, ces documents sont versés en annexe confidentielle au dossier et ne sont communiqués qu'à la ou aux parties mises en cause pour lesquelles ces pièces ou éléments sont nécessaires à l'exercice de leurs droits.
La commission des sanctions siège à huis clos. Les parties peuvent être présentes, demander à être entendues et se faire représenter ou assister.
La commission des sanctions délibère sur les affaires dont elle est saisie hors la présence des agents ayant constaté les manquements et de ceux ayant établi le dossier d'instruction.
Les décisions de sanction sont notifiées aux parties intéressées et publiées au Journal officiel. Elles peuvent faire l'objet d'un recours de pleine juridiction devant le Conseil d'Etat par les personnes sanctionnées, ou par le président de l' Autorité de régulation des activités ferroviaires et routières après accord du collège de l'autorité. Le recours contre des sanctions pécuniaires a un caractère suspensif.
La commission des sanctions ne peut être saisie de faits remontant à plus de cinq ans s'il n'a été fait aucun acte tendant à leur recherche, leur constatation ou leur sanction.