Le fonds est administré par un conseil de gestion qui est composé à parité de représentants de l'Etat et des collectivités territoriales, d'une part, et de représentants de personnes en situation de handicap, pour tous les types de handicap notamment physique, sensoriel, cognitif, mental ou psychique, et des acteurs de la vie économique, d'autre part.

La gestion comptable et financière de ce fonds est assurée par la Caisse nationale de solidarité pour l'autonomie. Cette gestion fait l'objet d'une comptabilité séparée.

Les ressources de ce fonds proviennent des sanctions pécuniaires mentionnées aux articles L. 111-7-10 et L. 111-7-11 du présent code et à l'article L. 1112-2-4 du code des transports.

Un décret précise la composition du conseil de gestion, les modalités de désignation de ses membres, ses missions et les modalités de son fonctionnement. Il détermine également les modalités de l'engagement et du contrôle des ressources affectées au fonds.