L'établissement est administré par un conseil de douze membres dotés chacun d'un suppléant, conformément aux dispositions de l'article R. * 321-4 du code de l'urbanisme. Il est composé comme suit :
1° Six membres représentant l'Etat, désignés par les ministres chargés respectivement :
-de l'urbanisme ;
-du logement ;
-du budget ;
-des transports ;
-de l'environnement ;
-des collectivités territoriales ;
2° Six membres représentant les collectivités territoriales et leurs établissements publics :
-un représentant de la région Aquitaine désigné par son président au sein du conseil régional ;
-un représentant du département de la Gironde désigné par son président au sein du conseil départemental ;
-un représentant de la métropole de Bordeaux Métropole désigné par son président au sein du conseil communautaire ;
-un représentant de la commune de Bordeaux désigné par le maire au sein du conseil municipal ;
-un représentant de la commune de Bègles désigné par le maire au sein du conseil municipal ;
-un représentant de la commune de Floirac désigné par le maire au sein du conseil municipal.
Un représentant de l'établissement public Réseau ferré de France et un représentant de la Société nationale des chemins de fer français peuvent être désignés par le président de chacun de ces établissements pour assister, en fonction de l'ordre du jour, aux réunions du conseil d'administration, avec voix consultative.
Assistent également de droit au conseil d'administration, avec voix consultative, le président de la chambre de commerce et d'industrie de Bordeaux ou son représentant.