Le conseil d'administration élit en son sein un président parmi les membres siégeant en qualité de représentants des collectivités territoriales ou de leurs groupements. Il comprend deux vice-présidents, dont le premier est le représentant de l'Etat désigné par le ministre chargé de l'urbanisme et le second est élu parmi les membres siégeant en qualité de représentants des collectivités territoriales ou de leurs groupements. Le premier ou, à défaut, le second vice-président supplée le président en cas d'absence ou d'empêchement.
En cas de vacance de la présidence du conseil d'administration, pour quelque cause que ce soit, le vice-président représentant l'Etat ou, à défaut, le second vice-président ou, si ce dernier est à son tour empêché, le préfet de la région Aquitaine, préfet de la Gironde, peut convoquer un conseil d'administration, dont l'ordre du jour comporte l'élection d'un nouveau président et, le cas échéant, du ou des vice-présidents à remplacer.
Le président et le second vice-président sont élus pour une durée de quatre ans. Ils sont rééligibles.
Le président et les deux vice-présidents composent le bureau. Le président du conseil d'administration préside le bureau. Le représentant de l'autorité chargée du contrôle économique et financier de l'Etat et l'agent comptable de l'établissement assistent également de droit aux réunions du bureau et y sont entendus chaque fois qu'ils le demandent.