Outre le dossier technique mentionné à l'article R. 533-26 du code de l'environnement, la demande d'autorisation de mise sur le marché comprend un dossier démontrant l'efficacité et l'absence d'effet nocif du produit dans les conditions d'emploi prescrites ou normales. Le contenu de ce dossier est précisé par un arrêté du ministre chargé de l'agriculture pris sur proposition du directeur général de l'Agence.
Lorsque le dossier est complet, l'Agence transmet la demande et la synthèse du dossier au Haut Conseil des biotechnologies et à la Commission européenne et, le cas échéant, la demande relative au caractère confidentiel de certaines informations figurant dans la demande d'autorisation.
L'Agence et le Haut Conseil des biotechnologies procèdent, en parallèle, à l'instruction de la demande. Ces deux organismes transmettent leurs avis au ministre chargé de l'environnement. Au vu de leurs avis, le directeur général de l'Agence établit le rapport d'évaluation prévu à l'article R. 533-30 du code de l'environnement.