La commission peut se réunir soit en formation plénière, soit par collège. Elle peut reclasser une proposition d'acquisition ou de commande dans le domaine qui lui paraît le mieux approprié.
La commission se réunit sur convocation de son président, qui fixe l'ordre du jour.
La commission, en formation plénière ou par collège, ne peut valablement délibérer que si la moitié au moins des membres sont présents ou représentés. Si le quorum n'est pas atteint, la commission est à nouveau convoquée avec le même ordre du jour dans un délai de quinze jours. Elle délibère alors sans condition de quorum.
Les votes sont émis à bulletin secret. En cas de partage des voix, la voix du président est prépondérante. Une personnalité qualifiée peut donner mandat à un autre membre de la commission de la représenter à une séance. Chaque membre ne peut recevoir qu'un seul mandat.
Les membres de la commission et les personnes qui participent aux séances ou qui sont invitées à y assister sont tenus au strict secret des débats et des délibérations.
Les membres de la commission exercent leurs fonctions à titre gratuit. Toutefois, ils peuvent être remboursés de leurs frais de transport et de séjour dans les conditions prévues par la réglementation applicable aux personnels civils de l'Etat.
Elle adopte, sur proposition de son président, un règlement intérieur qui précise notamment les conditions de son fonctionnement et les règles de déontologie.