La direction de l'administration pénitentiaire comprend quatre sous-directions :
- la sous-direction des missions ;
- la sous-direction des métiers et de l'organisation des services ;
- la sous-direction du pilotage et de la sécurité des services ;
- la sous-direction des ressources humaines et des relations sociales.
Elle comprend également :
- le cabinet de la direction ;
- le service de la communication ;
- l'inspection des services pénitentiaires ;
- le service de l'emploi pénitentiaire, service à compétence nationale.
Le directeur de l'administration pénitentiaire est assisté par un chef de service, adjoint au directeur, chargé notamment de la coordination des dossiers transversaux. Il est également assisté d'un directeur de cabinet.