Un commissaire du Gouvernement et un commissaire du Gouvernement adjoint sont nommés par arrêté du ministre chargé des transports. En cas d'absence ou d'empêchement du commissaire du Gouvernement, ses pouvoirs sont exercés par le commissaire du Gouvernement adjoint.
Le commissaire du Gouvernement peut faire opposition à toute délibération du conseil d'administration dans un délai de dix jours à compter du jour où il en a reçu notification. L'opposition est levée de plein droit si elle n'est pas confirmée par le ministre chargé des transports dans un délai d'un mois à compter du jour où le président du conseil d'administration a reçu notification de cette opposition.