Le conseil d'administration règle par ses délibérations les affaires de la Chambre nationale de la batellerie artisanale, dans le cadre des missions énumérées aux articles L. 4432-1 et R. 4432-2.
Il peut déléguer une partie de ses attributions à son président.
Le conseil d'administration établit, sur proposition du bureau, son règlement intérieur qui détermine notamment les modalités de publication des décisions de l'établissement public. Ce règlement intérieur est transmis, pour approbation, au ministre chargé des transports.