Le BEAD-mer est placé auprès de l'officier général de la marine nationale, inspecteur général des armées.
Il a pour mission de réaliser les enquêtes techniques sur les événements de mer affectant les bâtiments des forces armées quel que soit l'endroit où ils se trouvent.
Il a en outre pour mission de réaliser les enquêtes sur les accidents de plongée subaquatique en scaphandre autonome ou de plongée en caisson.
Il a également vocation à recueillir, exploiter et diffuser les informations relatives aux pratiques et aux enseignements de retour d'expérience sur les événements de mer affectant les bâtiments des forces armées, ainsi que sur les accidents de plongée subaquatique en scaphandre autonome ou de plongée en caisson.
Il réalise des études et recherches en matière de retour d'expérience et d'accidentologie.