La SNCF est dotée d'un conseil de surveillance et d'un directoire. Le dernier alinéa de l'article 5 de la loi n° 83-675 du 26 juillet 1983 relative à la démocratisation du secteur public n'est pas applicable au conseil de surveillance de la SNCF.
Pour l'application à la SNCF du chapitre II du titre II de la loi n° 83-675 du 26 juillet 1983 précitée, SNCF Réseau et SNCF Mobilités sont assimilés à des filiales, au sens de l'article 14 de la même loi.
Les statuts de la SNCF sont fixés par décret en Conseil d'Etat. Le nombre des représentants de l'Etat ne peut être inférieur à la moitié du nombre de membres du conseil de surveillance. Au moins deux membres du conseil de surveillance sont des représentants des autorités organisatrices régionales de transport ferroviaire et du Syndicat des transports d'Ile-de-France. Un député et un sénateur sont membres du conseil de surveillance.