Le certificat de sécurité permettant l'accès à un port vaut également pour l'utilisation des voies ferrées portuaires de ce port.
Les entreprises non titulaires d'un certificat de sécurité ou de la licence d'entreprise ferroviaire prévue à l'article L. 2122-10 doivent, pour l'utilisation des voies ferrées portuaires, être agréées par le ministre chargé des transports sur avis conforme de l'Etablissement public de sécurité ferroviaire saisi des éléments relatifs à la sécurité.
Un décret en Conseil d'Etat fixe les conditions de délivrance de cet agrément. Ce décret précise notamment dans quels cas cet agrément vaut certificat de sécurité pour les services empruntant le réseau ferré national entre des voies ferrées relevant d'une même autorité portuaire ou dans les points d'échange entre le réseau ferré national et les voies ferrées portuaires.