La gestion de l'infrastructure ferroviaire est comptablement séparée de l'exploitation des services de transport ferroviaire. Aucun fonds public versé à l'une de ces activités ne peut être affecté à l'autre. Les entreprises qui exercent des activités d'exploitation de services de transport ferroviaire et de gestion de l'infrastructure ferroviaire sont tenues de déposer tous les ans au registre du commerce et des sociétés des comptes séparés complets, comprenant bilan, compte de résultat et annexes. Ces comptes séparés distinguent, dans chacun de ces documents, les éléments relatifs, d'une part, aux activités d'exploitation de services de transport ferroviaire et, d'autre part, à la gestion de l'infrastructure ferroviaire.
Les comptes sont tenus de façon à permettre le suivi de l'interdiction de transférer des fonds publics d'une activité à une autre et le contrôle de l'emploi des recettes tirées des redevances d'infrastructure et des excédents dégagés par d'autres activités commerciales.